Anggapan Madrasah dan Pesantren sebagai lembaga pendidikan "kelas dua" masih terus ada. Hal ini bukan hanya ada dalam persepsi pemerintah dan sebagian masyarakat, tetapi tercermin dalam berbagai aturan perundang-undangan dan kebijakannya. Dalam hal ini, misalnya, Pemerintah masih dinilai bersikap diskriminatif terhadap Pesantren dan Madrasah Swasta, baik dalam penyusunan regulasi (undang-undang, peraturan pemerintah, dan aturan lainnya) maupun dalam implementasinya di lapangan. Dari hal regulasi, diskriminasi pemerintah terhadap Pesantren dan Madrasah Swasta dapat ditimbulkan dari sisdiknas. Hal ini tercermin dari sistem regulasi pendidikan di Indonesia, terutama UU Sisdiknas nomor 20 Tahun 2003 pasa 55 ayat (4), sebagaimana tercermin dalam tulisan berikut.
--------
REPUBLIKA.CO.ID, JAKARTA--Pemerintah wajib
memberikan bantuan teknis, subisi dana, dan sumberdaya lainnya secara adil dan
mereta ke lembaga pendidikan berbasis masyarakat. Pasalnya, selama ini berlaku
sikap tidak adil dan diskriminatif baik dari pemerintah pusat ataupn daerah
terhadap lembaga pendidikan swasta. Terutama madrasah dan pesantren. Kesimpulan
ini, menurut Ketua Umum Pengurus Besar Nahdlatul Ulama PBNU, Said Aqil
Siraj, menyusul diputuskannya Amar Putusan MK 58/PUU-VIII/2010 hasil uji materi
terhadap UU Sisdiknas No 20 Tahun 2003 Pasal 55 ayat (4), pada 23 September
2011.