Keterbatasan kemampuan pemerintah untuk melaksanakan dan mengelola pendidikan di Indonesia mengharuskan adanya pembagian dan distribusi wewenang, tanggung jawab, dan partisipasi dari pihak non-pemerintah (atau NGO, non-Goverment organization) dalam sistem pendidikan di Indonesia. Karenanya, wajar apabila keterlibatan masyarakat, swasta, dan investor asing dalam wajah pendidikan di Indonesia, termasuk pendidikan Islam. Keterlibatan masyarakat, misalnya, muncul dalam bentuk pembiayaan rutin siswa karena pemerintah tidak dapat membiayai seluruh komponen pembiayaan pendidikan setiap siswa, sekalipun pemerintah mengembar-gemborkan "pendidikan gratis untuk rakyat". Realisasinya, pemerintah hanya membiayai dana rutin saja, sedangkan lainnya tetap ditanggungjawabi oleh masyarakat. Keterlibatan swasta sangat kentara dalam pendidikan di, baik dalam pendidikan formal maupun non-formal. Pesantren adalah salah satu contoh representatif keterlibatan lembaga non-pemerintah dalam pengelolaan pendidikan.