Pesantren merupakan salah satu institusi pendidikan yang cukup tua di Indonesia. Tentunya jika dibanding dengan sekolah dan madrasah, pesantren telah eksis terlebih dahulu, tetapi dibanding dengan Mandala (bentuk lembaga pendidikan pada masa kerajaan Hindu) atau surau dan dayah, maka pesantren merupakan salah satu bentuk adaptasi-akomodatif kaum muslim terhadap sistem pendidikan yang ada pada saat berlangsungnya proses Islamisasi di Nusantara. Pesantren, bisa jadi diambil dari kata pe-santri-an (tempat para santri tinggal dan belajar), yang hampir mirip dengan pe-cantrik-an (tempat para siswa "Hindu" [cantrik]) yang tinggal dan belajar agama pada tempat tertentu (terutama asrama). Selebihnya, istilah santri dan cantrik mempunyai kemiripan, yakni ditujukan siswa yang sedang mempelajari, mencari, dan menginternalisasi nilai-nilai kebaikan, yakni keyakinan terhadap Dzat Pencipta Alam, ibadah, dan aplikasi nilai-nilai kebaikan dalam kehidupan keseharian. Dengan demikian, bisa jadi asumsi di atas benar, bahwa pesantren merupakan transformasi dari "pecantrikan" dalam sistem Mandala ke dalam sistem pendidikan Islam-Nusantara.
