Pengkajian Islam di Indonesia tidak dapat melepaskan diri dari kajian tentang pesantren. Hal ini karena lembaga pendidikan Islam yang satu ini merupakan salah satu lembaga pendidikan Islam dengan berbagai relasi fungsi dan peran yang dimainkannya dalam masyarakat Nusantra, Indonesia, dan dunia Internasional. Pada awalnya, kajian tentang pesantren merupakan sub-topik atau topik pelengkap dalam kajian ilmiah tentang Islam di Indonesia, misalnya dalam kajian Van Den Berg atau dalam The Cresent and The Rising Sun, karya H.J. Benda.
Dua dekade terakhir penelitian mengenai pesantren menjadi bagian dari pengarusutamaan kajian Islam di Indonesia, khususnya terkait dengan lembaga pendidikan Islam. Pada satu sisi, pesantren dikaji dari sudut
